Perfore los limones varias veces con un tenedor y coloque 1 dentro de cada cavidad de pollo. Coloque los pollos en el centro de la fuente para hornear preparada. Coloque las cebollas, los chalotes y el ajo alrededor de los pollos. Espolvoree las verduras con aceite de oliva y sazone con sal y pimienta. Unte la mantequilla sobre los pollos, y alinee cada uno con ramitas de tomillo.
Hornear 20 minutos en el horno precalentado. Aumente la temperatura a 200 grados y continúe horneando 30 minutos, o hasta que el exterior del pollo esté dorado, la carne ya no sea rosada y los jugos salgan claros. Deje enfriar unos 15 minutos antes de servir.